ความแปรปรวนทางพันธุกรรมหลายอย่างที่เกี่ยวข้องกับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของโรคมะเร็งในเด็กที่มีความพิการแต่กำเนิดที่ไม่ใช่โครโมโซม แม้ว่าความเสี่ยงในการเกิดมะเร็งจะไม่สูงเท่าเด็กที่มีความบกพร่องทางโครโมโซมแต่กำเนิด แต่ก็สูงกว่าเด็กที่ไม่มีข้อบกพร่องแต่กำเนิดอย่างมีนัยสำคัญ การค้นพบนี้อาจเป็นพื้นฐานสำหรับการตรวจหาผู้ป่วยที่ไม่ได้รับการศึกษาเหล่านี้ในระยะเริ่มต้น

เด็กที่มีความพิการแต่กำเนิดมีแนวโน้มที่จะเป็นมะเร็ง และความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของมะเร็งจะยังคงอยู่จนถึงวัยผู้ใหญ่ เด็กที่มีความบกพร่องทางโครโมโซมแต่กำเนิด เช่น กลุ่มอาการดาวน์และกลุ่มอาการไคลน์เฟลเตอร์ มีโอกาสได้รับการวินิจฉัยว่าเป็นมะเร็งมากกว่าเด็กที่ไม่มีความผิดปกติแต่กำเนิดถึง 11 เท่า อย่างไรก็ตาม เด็กที่มีความบกพร่องทางโครโมโซมแต่กำเนิดมีโอกาสได้รับการวินิจฉัยว่าเป็นมะเร็งมากกว่าเด็กที่ไม่มีความบกพร่องแต่กำเนิดถึง 2.5 เท่า ด้วยความพิการแต่กำเนิดที่เกิดขึ้นใน 1 ใน 33 ของการเกิดในสหรัฐอเมริกาในแต่ละปี ความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นจึงส่งผลต่อจำนวนเด็กที่มีนัยสำคัญ พันธุกรรมพื้นฐานของความพิการแต่กำเนิดที่ไม่ได้เกิดจากโครโมโซมยังไม่ได้รับการศึกษาโดยละเอียด